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立命館大学　研究者学術情報データベース English>> TOPページ TOPページ > 遠里　由佳子 （最終更新日 : 2024-02-19 17:26:20） トオサト　ユカコ 遠里　由佳子 TOHSATO Yukako 所属 情報理工学部 情報理工学科 職名 教授 業績 その他所属 プロフィール 学歴 職歴 委員会・協会等 所属学会 資格・免許 研究テーマ 研究概要 研究概要（関連画像） 現在の専門分野 研究 著書 論文 その他 学会発表 その他研究活動 講師・講演 受賞学術賞 科学研究費助成事業 競争的資金等(科研費を除く) 共同・受託研究実績 取得特許 研究高度化推進制度 教育 授業科目 教育活動 社会活動 社会における活動 研究交流希望テーマ その他 研究者からのメッセージ ホームページ メールアドレス 科研費研究者番号 researchmap研究者コード 外部研究者ID 学歴 1. 2002/03(学位取得) 大阪大学 工学 2. 1997/03(学位取得) 九州工業大学 情報工学 3. ～1995/03 九州工業大学 情報工学部 知能情報学科 卒業 4. ～1997/03 九州工業大学大学院 情報工学研究科 情報科学専攻 博士前期課程 修了 5. ～2002/03 大阪大学大学院 基礎工学研究科 情報数理系専攻 博士後期課程 修了 職歴 1. 2019/04/01 立命館大学 情報理工学部情報理工学科 教授 2. 2019/04/01 大阪電気通信大学 情報通信工学部 情報工学科 客員教授 3. 2018/04/01 理化学研究所 生命機能科学研究センター 客員研究員 4. 2017/04/01 ～ 2018/03/31 理化学研究所 生命システム研究センター 客員研究員 5. 2017/04/01 ～ 2019/03/31 大阪電気通信大学 情報通信工学部 情報工学科 准教授 全件表示（14件） 委員会・協会等 1. 2022/04/01 ～ 2023/03/31 バイオ情報学研究会 運営委員 2. 2022/04/01 ～ 2023/03/31 ABiS事業 運営委員 研究概要 生命現象をシステムとして理解し予測する情報処理技術の研究開発 顕微鏡をはじめとする計測技術の発展により、ライフサイエンスの分野では、分子や細胞、組織、個体などの動態を捉えた、時空間情報を数値として含む計測データが得られつつある。そこで、そうした様々な生命現象を記録した大規模・多次元のデータを包括的に解釈する新しいソフトウェアの研究開発に取り組む。発生や老化、疾患などに関わるデータから、既存の手法では見つけ出すことが難しい生物学的知識を得る「データ駆動型サイエンス」の実現を目指す。例えば、確率統計や機械学習、人工知能の技術を駆使した画像やデータの解析、物理・化学の法則の理論に基づく数理モデルの構築を試みる。アプローチの融合により、生命現象を理解し、様々な摂動条件下でどのように制御されているかを予測することを目指す。 著書 1. 2014/11 バイオ画像解析 手とり足とりガイド　第１章5節　バイオイメージと定量データのデータベース │ ,53-61頁 (共著)   2. 2011/04 Protein Function Prediction for Omics Era: (15) Towards elucidation of the Escherichia coli K-12 unknowneome │ ,289-306頁 (共著)   3. 2009/03 代謝反応メカニズムをセルイラストレータで再現しよう │ (単著)   4. 2001/12 代謝反応パスウェイのアライメントによる類似反応パターンの検出 │ ,2550-2554 (共著)   論文 1. 2023/12/28 Segmentation of mouse brain slices with unsupervised domain adaptation considering cross-sectional locations │ IPSJ Transactions on Bioinformatics │ (共著)   2. 2023/12/19 Large-scale image processing and three-dimensional reconstruction of mouse brains with neurogenic-tagged neurons │ Proceedings of the 13th International Conference on Biomedical Engineering and Technology (ICBET 2023) │ ,1-7頁 (共著)   3. 2023/04/03 Metabolic network analysis by time-series causal inference using the multi-dimensional space of prediction errors │ IPSJ Transactions on Bioinformatics │ 16,13-19頁 (共著)   4. 2023/02/17 Gene deletion algorithms for minimum reaction network design by mixed-integer linear programming for metabolite production in constraint-based models: gDel_minRN │ Journal of Computational Biology │ 30 (5),553-568頁 (共著)   5. 2022/09/09 Phenotype anomaly detection for biological dynamics data using a deep generative model │ The 31st International Conference on Artificial Neural Networks (ICANN 2022), Lecture Notes in Computer Science │ 13530,432-444頁 (共著)   全件表示（47件） 科学研究費助成事業 1. 2020/04/01 ～ 2025/03/31 有用物質を効率的に生産する代謝ネットワークの設計アルゴリズム │ 基盤研究(B) (キーワード：有用物質生産, 流束均衡解析, 増殖連動生産, 制約モデル, 生育結合, アルゴリズム, 混合整数線形計画法, 線形計画問題, 増殖連動型生産, 代謝ネットワーク)   2. 2021/07/09 ～ 2023/03/31 誕生日タグづけ法による大規模データを利用した神経細胞群と行動表現型との因果推論 │ 挑戦的研究（萌芽） (キーワード：神経, 因果推論, 誕生日タグづけ, マウス, 行動表現型)   3. 2019/04/01 ～ 2022/03/31 顕微鏡画像データに基づく因果構造マイニング法の開発 │ 基盤研究(C)   4. 2019/04/01 ～ 2022/03/31 ベイズ最適化による未知の多次元心理物理関数の推定手法の構築と応用分野の開拓 │ 基盤研究(C) (キーワード：実験計画法, 心理物理学, 心理物理関数, ベイズ最適化, ガウス過程回帰)   5. 2016/10/21 ～ 2020/03/31 細胞の状態を表現する確率モデルの構築と細胞核の動態解析への応用 │ 基盤研究(C) (キーワード：C. elegans, システム生物学, 発生・分化, 表現型解析, アルゴリズム, データ駆動型解析, 時系列データ解析, バイオインフォマティクス, 統計数学, 解析・評価, データ駆動解析, ベイズ推定, 確率的生成モデル, 画像, 数理モデル, 時系列データ, 隠れマルコフモデル)   全件表示（9件） 教育活動 ●教育方法の実践例 1. 2004/04 「バイオアルゴリズム」や「プログラミング演習」において、学生からの授業の感想および要望を積極的に集め、授業改善に努めた。また授業内容で質問があった点は次回レジュメで補足し学生の理解向上に努めた。 研究者からのメッセージ 1. パスウェイのネットワーク解析ゲノム解析の進展により多くの生物種の全ゲノム配列が急速に決定されてきました。しかしそのゲノム配列が分かったとしても、機能の多くは不明のままです。そこで私は機能解析研究の一つとして、体の中で起きる化学反応(代謝反応）に焦点をあて、単に個々の遺伝子の構造や機能の解析ではなく、統合的なネットワーク（パスウェイ）としての働きの解析を考えています。現在は、特にデータベースシステムの構築やグラフ理論や統計的な手法を用いた情報技術の研究を進めています。また今後は、提案した情報技術を利用することで、薬物がどのように生体内で変換されていくか、特定の病気の原因となる反応はどこで起こっているのかなどの解明へも挑戦する予定です。 ホームページ 計算生物学研究室 メールアドレス © Ritsumeikan Univ. All rights reserved.